恶意非法侵占他人财产罪的立案标准主要包括侵占数额较大、拒不退还或拒不交出、合法持有他人财物，并且侵占行为必须达到情节严重的程度。

具体而言：

侵占数额较大：一般来说，侵占他人财物价值达到一万元以上不满十万元的，属于数额较大。

但部分地区如上海的标准为2万元以上不满20万元，而部分地方立案标准为5千。

数额较大标准会根据不同地区的经济发展水平而有所差异。

拒不退还或交出：即经财物所有人要求退还，行为人仍拒不归还。如果行为人能够及时退还或交出，则不构成此罪。

合法持有他人财物：行为人基于代为保管、他人遗忘物或者埋藏物等合法途径持有他人财物。

例如，甲受乙委托保管财物，乙要求归还时，甲拒不退还且财物价值达到立案标准，甲就可能涉嫌侵占罪。

情节严重：情节严重主要指侵占重要物品、多次侵占、造成他人重大经济损失等情形。

此外，侵占罪属于告诉才处理的犯罪，即只有被害人亲自到法院告诉，法院才会处理，否则司法机关不会主动追究行为人的刑事责任。但如果被害人因受强制、威吓无法告诉的，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。

若符合上述立案标准，公安机关将依法立案侦查，追究行为人的刑事责任。